真核生物や真正細菌の持つ代謝系は光合成など特殊なものや脂質合成系を除き基本的には備えていると考えられる。しかしながら未発見の酵素が多数ある。また一部経路の改変や、使用する酵素が異なる場合も多い。
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例えば解糖系（グルコース代謝）は、ユリアーキオータの多くがADP依存性グルコキナーゼやADP依存性ホスホフルクトキナーゼなど数種類の特異な酵素が関与する変形エムデン-マイヤーホフ経路（変形EM経路）を使用している。一方、クレンアーキオータの多くは、好気性の真正細菌の一部に見られるエントナー-ドウドロフ経路（ED経路）に似る経路を使用する。こちらはグルコースのリン酸化を伴わないため変形ED経路と呼ばれている。
増殖（繁殖）は単純な二分裂によって行われる。この点は真正細菌とまったく同じである。球菌ではそのまま2つに割れ、細胞内容物はほぼ半分ずつ、DNAも1セットずつ分配される。桿菌はある程度長くなった後、仕切りができてやはり2つ（あるいはそれ以上）に割れる。どちらも殆ど同じクローンが2体できることに変わりはない。早いものでは1世代20分で分裂する。分裂の際、ユリアーキオータでは真正細菌と同様FtsZリングと呼ばれる構造が細胞表面に出現する。一方でクレンーキオータはFtsZを持たず、その分裂の詳細は不明である。